Program Studi Teknik Industri UNY memiliki 6 (enam) kelompok keahlian atau bidang ilmu penugasan atau keparan, yang menjadi payung penelitian, diantaranya: Inovasi Industri Kreatif dan Kewirausahaan, Simulasi dan Decision Support System (SDSS), Ergonomi dan Desain Sistem Kerja (Ergo), Sistem Informasi dan Enterprise Resource Planning (ERP), Supply Chain dan Logistik, dab Sistem Industri Terintegrasi.